医療法人は、組織として運営がなされます。
その必要機関には、医療法人の意思決定機関である社員総会と執行機関である理事会並びに監査機関である監事があります。

また、医療法人には、役員として、理事3人以上および監事1人を置くことが原則とされており、役員は社員総会により選任され、その任期は2年を超えることはできません。（再任は可能）

医療法人の必要機関

社員

社員とは社団たる医療法人の構成員のことをいい、医療法人の従業員のことではありません。

社団たる医療法人へ

• 社員の必要数は、都道府県により３人以上または４人以上とされています。
• 社員の資格は18歳以上であり、金銭等を拠出していなくても社員になることができます。
  • 社員たる資格の得喪については、定款で規定されることになっています（医療法第44条第2項第8号）。
• 社員は、株式会社の株主にあたるといわれることがありますが、医療法人に出資をしない社員も存在するところが株主と大きく異なります。
  • 出資持分のある医療法人においても、社員の地位は出資持分と結合しておらず、出資持分を全く有しない社員も存在し得ます。

社員総会

社員総会とは、社団たる医療法人の構成員である社員により構成される合議体で、社団たる医療法人における最高意思決定機関です。

• 社員総会には、定時総会と臨時総会があり、定時総会は通常年２回開催するようになっています。
• 理事・監事などの役員選任や定款変更などの重要事項は、社員総会の議決と承認が必要になります。

理事会

理事会は、社員総会によって選出された理事によって構成され、医療法人の業務内容を執行するための意思決定を行い、さらに、組織運営上必要なさまざまな活動を行います。
理事会の議長は理事長がつとめます。

理事

理事は、社員総会によって選任し、3人以上置く必要があります（医療法46条の5第1項）。
理事のうち1人を理事長とし選出し、理事長のみが医療法人の代表権を有します。

監事

監事は、医療法人の業務や財産状況を監査し、毎会計年度に監査報告書を作成して、会計年度終了後3か月以内に社員総会または理事に提出します。

監事は、理事または職員を兼ねることはできず、理事と同族の者、医療法人の顧問会計士・顧問税理士・顧問弁護士等は就任することは適当でないとされています。