認定医療法人制度

認定医療法人制度の概要

認定医療法人制度は、令和5年9月30日までの期間限定の制度で、この期間内に移行計画を厚生労働省へ申請して、認定を受ける必要があります。

認定を受けた医療法人は、認定の日から３年以内に持分のない医療法人へ移行する必要があり、移行しない場合は認定が取り消され、遡及して課税されます。
また、持分のない医療法人への移行完了後６年間は、毎年、持分なし医療法人の運営状況を厚生労働省へ報告する必要があります。

税制優遇措置の概要

相続人が持分のある医療法人の持分を相続または遺贈により取得した場合、その医療法人が移行計画の認定を受けた医療法人であるときは、移行計画の期間満了まで相続税の納税が猶予され、持分を放棄した場合は、猶予税額が免除されます。

また、出資者が持分を放棄したことにより、他の出資者の持分が増加することで、贈与を受けたものとみなして他の出資者に贈与税が課される場合、その医療法人が移行計画の認定を受けた医療法人であるときは、移行計画の期間満了まで贈与税の納税が猶予され、増加した持分を放棄した場合は、猶予税額が免除されます。

さらに、移行計画に基づき持分なし医療法人に移行した場合、出資者の持分放棄に伴う法人贈与税については、非課税となります。

※旧制度（平成29年9月30日以前）により既に認定を受けた医療法人も、新制度による認定を取り直して追加的に優遇を受けることができます。（ただし、当初の移行計画期間は変更不可）

主な認定要件

• 移行計画が社員総会において議決されたものであること
• 出資者等の十分な理解と検討のもとに移行計画が作成され、持分の放棄の見込みが確実と判断されること等、移行計画の有効性及び適切性に疑義がないこと
• 移行計画に記載された移行期限が３年を超えないものであること
• 運営に関する要件を満たすこと（持分なし医療法人へ移行後６年間満たす必要があります。）
  • 法人関係者に対し、特別の利益を与えないこと
  • 役員に対する報酬等が不当に高額にならないような支給基準を定めていること
  • 株式会社等に対し、特別の利益を与えないこと
  • 遊休財産額は事業にかかる費用の額を超えないこと
  • 法令に違反する事実、帳簿書類の隠ぺい等の事実その他公益に反する事実がないこと
  • 社会保険診療等（介護、助産、予防接種含む）にかかる収入金額が全収入金額の80%を超えること
  • 自費患者に対し請求する金額が、社会保険診療報酬と同一の基準によること
  • 医業収入が医業費用の150%以内であること