医療法人を設立するには、定款を作成し、設立総会を開催して必要事項を審議・決定した上で、都道府県などの認可庁の認可を受けて、認可後には法人設立の登記申請を行います。

定　款

定款は、医療法人の組織、運営等に関する基本を定めたもので、医療法人の憲法であり法律といえます。
認可庁である各都道府県等が作成する「申請の手引書」の中で、モデルとなる定款を示しています。
これに沿って作成すれば問題はありませんが、その内容と離れた定款を作成する場合には、認可庁に確認または事前協議を行うことが必要です。

定款記載事項

定款には次の事項を定めなければなりません（医療法44条第2項）

1. 目的
2. 名称
3. 開設しようとする診療所の名称及び開設場所
4. 事務所の所在地
5. 資産及び会計に関する規定
6. 役員に関する規定
7. 社員総会及び社員たる資格の得喪に関する規定
8. 解散に関する規定
9. 定款の変更に関する規定
10. 公告の方法

医療法人設立当初の役員についても、定款をもって定めなければなりません。
また、残余財産の帰属に関する規定を設ける場合は定款で定め（法56条第1項）、規定がない場合には国庫に帰属します（同条第2項）。
ただし、帰属対象者は、、地方公共団体、医療法人その他の医療を提供する者であって厚生労働省令で定めるものから選定しなければなりません。

定款の変更

医療法人設立後、定款記載事項を変更するときは、事務所所在地、公告の方法を除く変更については、その都度認可庁の認可が必要になります（法54条の9第3項）。

定款変更認可申請にも多くの申請書類が必要になり、認可が下りるまで時間を要しますので、計画的に申請を行うことを要します。
また、変更事項が登記事項に係わる場合には、定款変更のときから２週間以内に主たる事務所の所在地で登記をする必要があります。

事務所所在地と公告の方法を変更する場合は認可は不要ですが、認可庁への届け出が必要になります。

設立総会

医療法人を設立するには、あらかじめ設立総会を開催し、次に掲げる事項を医療法人の設立者（後の社員）で審議し決定しなければなりません。

1. 医療法人の設立の承認
2. 社員の確認
3. 定款の承認
4. 設立時の財産目録の承認
5. 会計年度、初年度分の事業計画および収支予算の承認
6. 役員の選任
7. 設立代表者の選任
8. 診療所の土地、建物を賃借する場合の契約の承認
9. その他の必要事項

設立総会議事録

設立総会の議事および決議事項は、議事録として作成し、保存しなければなりません。
設立総会議事録は、設立認可申請の添付書類となり、各都道府県の申請の手引の中でも作成例が示されていますので、それに従い作成します。

設立登記

医療法人の設立の認可の後、認可書到達から2週間以内に、主たる事務所の所在地を管轄する法務局に登記申請をしなければなりません。
登記申請には、「医療法人登記申請書」の他、登記すべき事項記載した書類、定款、理事等の就任承諾書、認可書、財産目録等の添付書類が必要になります。
また、法人の印鑑も法務局に届け出ます。

【登記すべき事項】

1. 目的及び業務
2. 法人の名称
3. 事務所
4. 理事長の住所及び氏名
5. 存立時期又は解散の事由を定めたときは、その時期又は事由
6. 資産の総額（正味資産額）