医療法人を設立するには、まず、都道府県等の認可庁へ医療法人設立の認可申請を行い、認可を受ける必要があります。（医療法第44条）
認可後は、医療法人の設立登記申請と法人診療所の開設手続、個人診療所の廃止手続を行います。
これらの手続を合わせると、法人診療所で保険診療を始めるまでに、半年以上の長期間を要します。

医療法人の設立手続の流れ

いわゆる医療法人設立という手続には、大きく分けて「医療法人格に係る手続」と「法人診療所開設に係る手続」の２つの手続があり、以下の流れで手続を行います。

医療法人格に係る手続

都道府県などの認可庁から指定された日程に従い、以下の手続を進めます。

1. 医療法人設立認可申請
   • 都道府県などの認可庁に対して行う手続で、年に２回ほどの決められたタイミングで行う必要があります。
   • 設立総会を開催して必要事項を決議し、設立認可申請書を作成して申請します。
     申請後は認可庁の審査の過程で申請書の補正や追加書類提出などの指示がされ、認可が下りると認可書が交付されます。＋ 設立総会
2. 医療法人設立登記申請
   • 認可書が交付されたら、所管の法務局に医療法人設立登記申請を行います。同時に法人印の届け出も行うので、申請前に法人印の作成が必要になります。
   • 登記が完了すると法人印鑑カードが交付され、法人登記簿謄本と法人印の印鑑証明書の交付を受けることができます。
   • 登記が完了したら認可庁に医療法人設立登記の完了届を届け出ます。

法人診療所開設に係る手続

医療法人設立認可が下り、認可書が交付されましたら、一気に以下の手続を行います。

1. 法人診療所の診療所開設許可申請
   • 法人診療所の開設日までに、診療所の開設許可を受ける必要があります。個人診療所には無い手続です。
2. 個人診療所の廃止手続と法人診療所の開設手続
   • 法人診療所の開設日以降１０日以内に、保健所に対し診療所廃止届と診療所開設届を届け出ます。
   • エックス線装置がある場合、継続使用するときでも、あらかじめ専門業者の線量測定検査を受け、上記と併せて備付届・廃止届を届け出ます。
   • 厚生局に保険医療機関指定申請と廃止届を指定期間内に提出します。
   • 個人診療所で届け出ていた各種の施設基準届も上記指定申請と併せて届け出ます。
   • 生活保護指定医療機関などの公的支援指定医療機関の手続など、個人診療所で行った手続をすべてもう一度行います。また、麻薬免許証など医師個人の免許証の変更が必要になる場合もあります。
   • 国保連合会や社保支払基金など診療報酬に関する手続も必要になります。
3. 契約の更新
   • 院長先生個人名義で締結していた不動産賃貸借契約書や医療廃棄物処理などの契約書を法人名義に更新する必要があります。

法人診療所の開設により、保険医療機関コードは変更になりますが、開設者の変更として保険医療機関指定日の遡及を受けることができます。